用人单位承担二年内加班工资的举证责任,系因其掌握劳动者二年内加班事实的证据根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第六条及《最高人民法院关于民事证据若干规定》中七十五条的规定,劳动者有证据证明,与加班争议有关的证据系由用人单位掌握的,用人单位应如实提供,用人单位拒不提供的,由用人单位承担不利后果。《北京市工资支付规定》第十三条规定:“用人单位应当按照工资支付周期编制工资支付记录表,并至少保存二年备查。工资支付记录表应当主要包括用人单位名称、劳动者姓名、支付时间以及支付项目和金额、加班工资金额、应发金额、扣除项目和金额、实发金额等事项。”故根据该条规定,用人单位,应当对劳动者加班的证据及加班工资的支付凭证,保留两年备查,在两年期限内,用人单位具有法定的保留义务。因此,对两年内的加班工资发生争议的,因用人单位掌握着劳动者加班与否的证据及考勤记录,应由用人单位提供证据,否则,用人单位应承担举证不能的法律后果。