穆勒的自由，包括三个方面：其一，人类内在意识领域的自由：它要求最广义的良心自由，思想和情感的自由，对举凡实践、思想、科学、道德、宗教等所有事物的意见和态度的绝对自由。发表和出版意见的自由可能看起来应归于不同的原则，因为它属于个人行为关涉他人的那一部分；但是因为发表出版于思想几乎同等重要，并且所依据的理由又大都相同，所以实际上是无法将他们分开的。其二，品位和志趣的自由：自由地根据自己的特性规划生活，做自己喜欢做的事并愿意承担一切可能的结果；只要我们的行为不伤及他人就不受人们干涉，即使在他人看来我们所行事愚蠢的、乖张的或错误的。其三，个人自由可以推出在同样限制内的个人联合的自由：人们可以在不伤害他人的任何目的地下自由联合，但参加联合的人必须是成年人，并且不受强迫和欺骗。穆勒非常看重这三点自由，他说“大体说来，如果一个社会不尊重这些自由，无论其政体形式是什么，都不能算是自由；又如果这些自由不能绝对无条件的存在，社会也不鞥算是完全自由的。”穆勒概括说，唯一名副其实的自由，是以我们自己的方式追求我们自身之善的自由，只要我们没有企图剥夺别人的这种自由，也不去防止他们追求自由的努力。在无论身体、思想还是精神的健康上，每个人都是他自己最好的监护人。