特殊疾病处理流程:1。申请人应填写《重庆市城乡居民合作医疗保险特殊疾病申请表》,并提交医疗保险中心;2、申请人身份证复印件。代理人身份证复印件。近期1寸照片2张;3、申请人可提供二级以上医院住院病历或三级医院门诊病历(含检查原始资料),现场办理《重庆市医疗保险特殊疾病资格证》;4、如果没有二级以上医院住院病历或三级医院门诊病历,需填写《重庆市城乡居民合作医疗保险特殊疾病申请表》,申请集中体检。合格后,方可办理《重庆市医疗保险特殊疾病资格证》。