在货物运输中，车辆发生自燃，烧毁的货物一般是要全额赔偿的，也可以按照损失发生时的市场价格或者其他方式计算。如果双方不能达成一致的，可以向法院提起诉讼，由法院裁定。

依据《中华人民共和国侵权责任法》规定如下：

1、第十九条　侵害他人财产的，财产损失按照损失发生时的市场价格或者其他方式计算。

2、第二十条　侵害他人人身权益造成财产损失的，按照被侵权人因此受到的损失赔偿；被侵权人的损失难以确定，侵权人因此获得利益的，按照其获得的利益赔偿；侵权人因此获得的利益难以确定，被侵权人和侵权人就赔偿数额协商不一致，向人民法院提起诉讼的，由人民法院根据实际情况确定赔偿数额。

3、第二十五条　损害发生后，当事人可以协商赔偿费用的支付方式。协商不一致的，赔偿费用应当一次性支付；一次性支付确有困难的，可以分期支付，但应当提供相应的担保。

扩展资料

双方就赔偿数额不能协商一致，向法院提起诉讼的流程如下：

1、原告起诉；

2、法院受理后将起诉书副本送达被告；

3、被告在十五日内提交答辩状，法院在五日内将答辩状副本送达原告如果被告不提交答辩状，不影响审理；

4、决定开庭审理的案件，法院在三日前通知当事人并公告；

5、法庭调查阶段包括：当事人陈述；告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言；出示书证、物证和视听资料；宣读鉴定结论；宣读勘验笔录。

6、法庭辩论包括：原告及其诉讼代理人发言；被告及其诉讼代理人答辩；第三人及其诉讼代理人发言或者答辩；互相辩论；法庭辩论终结，由审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见。

7、法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。

8、判决宣告。