手机上网有剩余流量而扣除上网费可能存在以下原因:

1、剩余流量如果是定向流量,只能用于指定的应用或app,使用第三方应用或软件等情况就会出现产生额外流量费情况;

2、剩余流量有一定的使用范围,如果剩余流量是省内的或是校园小区等情况的,那出省或不在相应的小区范围内使用上网也会产生上网费用;

3、如果剩余的流量有特定的手机上网接入点设置要求,设置不正确的情况下也会出现无法使用到此流量而扣话费的情况。