海关行政诉讼除遵循诉讼法的共有原则，如司法机关依法独立行使职权的原则，公民在适用法律上一律平等的原则，以事实为根据、以法律为准绳的原则，公开审判、回避、合议、两审终审制的原则，辩论的原则和各民族公民都有权使用本民族语言、文字进行诉讼活动的原则等外，还应遵循行政诉讼特有的原则。
(一)人民法院审查具体行政行为合法性的原则
人民法院只对具体行政行为的合法性进行审查。至于行政机关的具体行政行为是否适当，原则上由行政机关自行处理。虽然《中华人民共和国行政诉讼法》也规定了人民法院对显失公平的行政决定可以变更，但这只是表明人民法院具有一定的权威性，在司法实践中一般不予采用。这是《中华人民共和国行政诉讼法》确定的重要原则，体现了对行政机关的行政决定实施司法审查的监督机制。
(二)行政复议自行选择的原则
《中华人民共和国行政诉讼法》规定，当事人对行政机关的具体行政行为不服，可以自行选择向作出具体行政行为的海关的上一级海关申请复议，也可以选择直接向人民法院起诉。赋予当事人自行选择的权利是我国法制民主性的充分体现。当然，考虑到关税纳税争议的专业性较强，《海关法》规定了复议前置的程序，即当事人只能向上级海关申请复议，只有对复议决定不服的，才可以向人民法院提起诉讼。
(三)诉讼期间不停止执行的原则
为了保持行政管理的连续性和法律上的执行力，在行政诉讼中，海关作出的具体行政行为并不因原告的起诉而停止执行。海关行政诉讼是由1987年《海关法》的颁布而确立的。《中华人民共和国行政诉讼法》颁布后，在我国建立了全面、规范的行政诉讼制度。凡是涉及公民、法人切身利益的情事，应赋予公民、法人诉诸司法保护的权利，这是法制国家的重要原则。我国在推进社会主义法制逐步完善的进程中，一方面要求国家行政机关依法行政，另一方面又建立行政诉讼制度，允许公民、法人在对行政机关的具体行政行为不服时诉至人民法院，请求审查其合法性。这不仅是对国家行政机关依法行使行政职权的监督，而且也是对公民、法人或其他组织合法权益的保护。
根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，人民法院受理公民、法人和其他组织对海关具体行政行为不服提起的诉讼有：
1．对海关作出的罚款、没收、警告、暂停或取消从业资格等行政处罚决定不服的；
2．对海关决定征收的关税和其他税费发生争议的；
3．对海关扣留进出境货物、物品、运输工具及与之相关的文件、账册、资料和对海关将走私罪嫌疑人扣留移送等强制措施不服的；
4．认为符合法定条件，申请海关颁发许可证和执照，海关拒绝颁发或者不予答复的；
5．认为海关不作为而要求海关履行法律义务的；
6．认为海关侵犯法律规定的企业的经营自主权的；
7．认为海关侵犯其他人身权、财产权的。