建设工程合同有纠纷能约定仲裁。当事人之间发生的合同纠纷可以仲裁,但采用仲裁方式解决纠纷,应当双方自愿,达成仲裁协议。合同的变更、解除、终止或者无效,不影响仲裁协议的效力。

法律依据

《中华人民共和国仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷,可以仲裁。第四条当事人采用仲裁方式解决纠纷,应当双方自愿,达成仲裁协议。没有仲裁协议,一方申请仲裁的,仲裁委员会不予受理。第十九条仲裁协议独立存在,合同的变更、解除、终止或者无效,不影响仲裁协议的效力。仲裁庭有权确认合同的效力。