有以下几点区别：

一、概念不同

1、不征收增值税

指不属于增值税的征税范围的项目。

2、免征增值税

属于原本需要征税的而根据税法相关规定，给予某些项目取得收入免予缴纳增值税的税收优惠。

二、适用时间不同

1、不征收增值税

没有硬性的适用时间段规定，《企业所得税法》第七条规定，收入总额中的下列收入为“不征税收入”：财政拨款；依法收取并纳入财政管理的行政事业性收费、政府性基金；国务院规定的其他不征税收入。

2、免征增值税

纳税人发生应税行为适用免税、减税规定的，可以放弃免税、减税，按规定缴纳增值税。放弃免税、减税后，36个月内不得再申请免税、减税。

三、开具发票的权限不同

1、不征收增值税

不征税除特殊情形外，不能开具增值税发票。《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十一条规定，不征增值税项目本身并不属于增值税的征税范围，所以纳税人发生不征增值税项目，取得收入时不能开具增值税发票。

2、免征增值税

可以开具增值税普通发票。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》（中华人民共和国国务院令第538号）第二十一条、《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号文附件1）第五十三条，增值税纳税人销售免税货物，不得开具增值税专用发票，只能开具增值税普通发票。

免征增值税可开具增值税专用发票的特殊情形：国有粮食购销企业销售免税粮食可开具增值税专用发票。政策依据：《财政部国家税务总局关于粮食企业增值税征免问题的通知》（财税字〔1999〕198号）、《财政部 国家税务总局关于免征储备大豆增值税政策的通知》（财税〔2014〕38号）。