一、职务性质不同：

1、副科长是领导职务，是所在单位（部门）的领导成员。

2、副主任科员是非领导职务，虽然相当于副科级，但它不是单位（部门）的领导成员。

二、工作职责不同：

1、副科长是某一个科室或部门的副职领导，其职责是协助科长管理单位单位（部门）工作，比如财务科副科长、基建科副科长等。

2、而副主任科员和普通科员一样，就是一般工作人员，要服从单位（部门）领导的管理和工作安排。

三、享受待遇不同：

1、副科长享受副科级领导相关待遇。

2、而副主任科员只享受科员的待遇。

公务员应当履行义务

1、模范遵守宪法和法律；

2、按照规定的权限和程序认真履行职责，努力提高工作效率；

3、全心全意为人民服务，接受人民监督；

4、维护国家的安全、荣誉和利益；

5、忠于职守，勤勉尽责，服从和执行上级依法作出的决定和命令；

6、保守国家秘密和工作秘密；

7、遵守纪律，恪守职业道德，模范遵守社会公德；

8、清正廉洁，公道正派；

9、法律规定的其他义务。