根据刑法,收取回扣是受贿罪,具体情况如下:

根据《刑法》第一百六十三条的规定,公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务上的便利,索取他人财物或者非法收受他人财物,为他人谋取利益,数额较大的,处五年以下有期徒刑或者拘役;数额巨大的,处五年以上有期徒刑,可以并处没收财产。
公司、企业或者其他单位的工作人员在经济往来中,利用职务上的便利,违反国家规定,收受各种名义的回扣、手续费,归个人所有的,依照前款的规定处罚。
收受贿赂5000元以上的应当追究刑事责任。

量刑
根据规定,收受贿赂5000元以上的,属于数额较大,应判处五年以下有期徒刑或拘役

退款存在不当,公司没有权利收取该部分款项,如你将该部分款项给公司,而公司以此不追究和告发则另当别论。否则,该款项应作为赃款被国家没收。积极退脏的量刑时会给予考虑。

补充:如果单位已报案,肯定会被追究刑事责任的,最好结果判决3年左右的有期徒刑,最后结果是缓刑,但难度非常大。