农村合作医疗报销比例：门诊报销比例分别为，乡镇卫生院报销比例40%，二级医院30%，三级医院20%。其中，每次就诊的检查和手术费用控制在50元以内，处方药费用控制在100元以内，附有发票的处方限定在1元以内，乡镇级合作医疗门诊年补偿限额为5000元。住院报销比例分别为，乡镇卫生院住院报销比例为60%，二级医院为40%，三级医院为30%。

法律依据

《农村合作医疗报销》规定：村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。中药发票附上处方每贴限额1元。镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。