非法经营罪员工批捕了,单位会判处罚金。《刑法》第三十一条规定,单位犯罪的,对单位判处罚金,并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。本法分则和其他法律另有规定的,依照规定。第二百二十五条规定,违反国家规定,非法经营,扰乱市场秩序,情节严重的,处五年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处违法所得一倍以上五倍以下罚金;情节特别严重的,处五年以上有期徒刑,并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或者没收财产。

法律依据

《刑法》第三十一条、第二百二十五条