一、 因缺乏合同订立的意思自治要件而被认定为无效
依据《中华人民共和国民法通则》第五十五条“民事法律行为应当具备下列条件：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律或者社会公共利益”之规定，一个民事法律行为要被认定为有效，以上三个条件缺一不可。而如果能够举证证明《股权转让合同》中的一方在订立合同时不是其真实意思表示，比如是在受欺诈、胁迫的情形下签订，则该《股权转让合同》及股权转让行为通常都会被认定为无效。如果股权转让的一方为公司，其他人利用职务之便，私盖公章导致公司的股权被转让出去。这时如公司起诉要求认定已盖章的《股权转让协议》无效通常都不会得到法院支持，原因在于对善意第三人合法利益的保护。
二、因股权性质为国有产权，转让不符合相应“应当”规定被认定为无效
依据《企业国有资产监督管理暂行条例》第十三条“国有资产监督管理机构的主要职责是：(一)依照《中华人民共和国公司法》等法律、法规，对所出资企业履行出资人职责，维护所有者权益......国务院国有资产监督管理机构除前款规定职责外，可以制定企业国有资产监督管理的规章、制度”及《企业国有产权转让管理暂行办法》第四条“企业国有产权转让应当在依法设立的产权交易机构中公开进行，不受地区、行业、出资或者隶属关系的限制。国家法律、行政法规另有规定的，从其规定”及第五条“企业国有产权转让可以采取拍卖、招投标、协议转让以及国家法律、行政法规规定的其他方式进行”之规定，属于国有产权性质的股权在转让时，应当在产权交易机构中公开进行转让。
三、因股权转让违反《中华人民共和国公司法》第七十一条规定被认定为无效
依据《中华人民共和国公司法》第七十一条规定：“有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。”有限责任公司在股权转让时应在依据该规定进行转让，尤其对外转让股权时，应当经其他股东过半数同意，且经股东同意转让的股权在同等条件下，其他股东有优先购买权。否则该《股权转让协议》及股权转让行为会被认为为无效。