公诉案件的司法鉴定程序如下:1、当事人申请鉴定,应当在举证期限内提出。2、申请鉴定时,要预交鉴定费用,并提供相关材料。3、当事人申请鉴定经法院同意后,由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员,协商不成时,由人民法院指定。4、当事人对人民法院委托的鉴定部门作出的鉴定结论有异议申请重新鉴定。5、对有缺陷的鉴定结论,可以通过补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法解决的,不予重新鉴定。

法律依据

根据《刑事诉讼法》第一百四十八条规定,侦查机关应当将用作证据的鉴定意见告知犯罪嫌疑人、被害人。如果犯罪嫌疑人、被害人提出申请,可以补充鉴定或者重新鉴定。