合法的农村宅基地在土地局都是有档案的,没有档案的存在两种情况,一是宅基地未经批准,也没有经过处理补办手续,是非法的;这种情况得不到法律保护。二是在宅基地初始申报登记时遗漏了,这种情况可以申请确权登记,但前提是宅基地取得途径合法,具体可以查阅国土资源部关于土地登记确权办法的规定。