低保户新农合资金由地方民政局统一代缴。根据城乡医疗救助实施办法规定:城乡低保对象、农村五保户、符合医疗救助条件的重点优抚对象和城乡低收入家庭大病患者、重度残疾人、低收入家庭老年人,参加当地合作医疗和医疗保险。