确保代垫工程投标保证金的安全的方式有:1、建立统一的投标保证金收取和退还的政府监管机构,以区市为单位设立投标保证金收取专户,通过公开招标方式选择专户银行,今后本区域或管辖范围内项目的投标保证金均汇入或交至(银行保函)该专户。《办法》要作相应修改,以让其收取名正言顺。2、规定投标人可以在《办法》中规定的投标保证金五种提交方式中自由选择。3、规定不得以“信誉或诚信担保”等另立明目要求投标人增加保证金。4、明确投标保证金提交的时间和返还的最长期限,资审阶段不得要求投标人提交保证金。对一些小型项目或技术简单的项目,可以直接规定投标保证金期限为三个月,以定期存款方式存放在专户,如无特殊原因,应在三个月后的第一周内返还。对涉及的投标有效期、发出中标通知书、签订合同期限作出相应的调整。5、投标保证金存放在该专户期间利息由投标人享有,如遇招标人或收受人原因造成投标保证金延期返还,还应加倍计算利息或赔偿由此给投标人带来的损失。6、加强监管,明确责任,增加挪用投标保证金等违法行为的罚则。