申请农机合作社与申请一般农民合作社程序是一样的，过程如下：依法登记是农民专业合作社开展生产经营活动并获得法律保护的重要依据。根据《农民专业合作社法》第十三条规定，设立农民专业合作社，应当向工商行政管理部门提交相关文件，申请设立登记。根据《农民专业合作社法》第十三条规定，农民专业合作社的设立人申请设立登记的，应当向登记机关提交的文件有：（一）登记申请书；（二）全体设立人签名、盖章的设立大会纪要；（三）全体设立人签名、盖章的章程；（四）法定代表人、理事的任职文件及身份证明；（五）出资成员签名、盖章的出资清单；（六）住所使用证明；（七）法律、行政法规规定的其他文件。需要特别注意的是，农民专业合作社向登记机关提交的出资清单，只要有出资成员签名、盖章即可，无需其他机构的验资证明。申请登记的文件是农民专业合作社显示组织合法存在的证明，也是成员资格和权利有效存在的重要证明，其真实可靠性是保证社会交易安全的必然要求。《农民专业合作社法）第五十五条规定，农民专业合作社向登记机关提供虚假登记材料或者采取其他欺诈手段取得登记的，由登记机关责令改正厂清节严重的，撤销登记。登记程序由申请、审查、核准发照以及公告等几个阶段组成。《农民专业合作社法》第十三条规定，农民专亚合作社登记办法由国务院规定，并明确办理登记不得收取费用。根据法律实施同步有效性的要求，农民专业合作社的登记办法也将于2007年7月1日与《农民专业合作社法》同步实施。为了保证登记事项的及时有效，维护农民专业合作社及其交易相对人的合法权益，稳定社会交易环境，《农民专业合作社法》明确规定了农民专业合作社法定登记事项变更的，应当申请变更登记。法定登记事项变更，主要是指：经成员大会法定人数表决修改章程的；成员及成员出资情况发生变动的；法定代表人、理事变更的；农民专业合作社的住所地变更的；以及法律法规规定的其他情况发生变化的。这些登记事项是对农民专业合作社的存在和经营影响很大的事项，直接影响着交易活动的正常开展和交易相对方的合法权益。如果农民专业合作社没有按照有关登记办法和规定进行变更登记，则须承担由此产生的法律后果。除法定变更事项外，合作社可以根据自身发展需要和情形对相关登记事项进行变更，以保证自身的正常发展以及维护交易相对人的知情权。《农民专业合作社法》对登记机关受理登记后的时间作出了明确限制，即登记机关应当自受理登记申请之白起二十日内办理完毕。这里的登记申请，包括了设立登记、变更登记和注销登记等，即从登记机关受理登记申请之日起开始计算，所有的登记工作应当在二十个工作日内办理完毕。(主要依据《中华人民共和国农民专业合作社法》第二章，设立和登记；《农民专业合作社登记管理条例》第三章，设立登记）。