个人商业贷款的自动扣款方式是一天两次,系统在贷款还款日早上营业开始前进行一次自动扣款,在当天营业结束后进行第二次自动扣款(正常情况下每日晚间自动扣款18点开始),按照“有多少扣多少”原则归还贷款账户拖欠款项。贷款发生逾期不影响系统自动扣款,仍然为一天两次。如没有进行还款,系统每天都会对账户进行自动扣款。