1、个人独资企业必须要有固定的生产经营场所和合法的企业名称，而个体工商户可以不起字号名称，也可以没有固定的生产经营场所而流动经营。2、个体工商户的投资者与经营者是同一人，都必须是投资设立个体工商户的自然人。个人独资企业的所有权与经营权是可以分离的，而个体工商户的所有权与经营权是集于投资者一身的，已不能适应于现代企业制度发展的要求，所以它只能适用于小规模的经营主体。3、个人独资企业可以设立分支机构，也可以委派他人作为个人独资企业分支机构负责人。个人独资企业不但可以在登记管理机关辖区内设立分支机构，也可以在异地设立分支机构，由设立该分支机构的个人独资企业承担责任。而个体工商户根据规定不能设立分支机构。4、个人独资企业与个体工商户的法律地位不同。在民事、行政、经济法律制度中个人独资企业是其他组织或其它经济组织的一种形式，能以企业自身的名义进行法律活动。而个体工商户是否能够作为其它组织或其它经济组织的一种形式，一直是国内民法学家的争论对象。5、个人独资企业与个体工商户在财务制度和税收政策上的要求不同。根据《个人独资企业法》的规定,个人独资企业必须建立财务制度，以进行会计核算。而个体工商户由于情况复杂，是否要建立会计制度争论较多，在即将实施的新《会计法》中也只作了原则规定。税务部门认定一般纳税人和小规模纳税人的标准并不是以企业的市场主体地位不同而划分的。一般来说，个体工商户较难认定为一般纳税人，而个人独资企业如符合条件则可以认定为一般纳税人。