区别有:管理部门不同。公司合同专用章的管理部门一般为法律部门;公司公章的管理部门一般为公司的综合管理部门,比如行政部;用途范围及效力不同。公司合同专用章专用于合同的签订,其效力仅限于合同签订;公章则具有代表公司的功能,其效力除了合同的签订以外,还可涉及及于公司一切事务,如文件、通知及证明等,具有行政管理作用。

法律依据

2021年1月1日生效的《民法典》第五百零二条  依法成立的合同,自成立时生效,但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规的规定,合同应当办理批准等手续的,依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的,不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的,对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规的规定,合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的,适用前款规定。