诉讼程序中司法鉴定机构的选择如下:自行鉴定没有争议的情况下,可以作为医疗纠纷处理的依据,行政鉴定是行政机关处理医疗纠纷的依据,

如果没有争议,经法院审查合法,也可以作为诉讼案件定案依据。

司法鉴定除具有一般鉴定的属性外还具有司法权威性,在对鉴定结论存在争议的情况下,司法鉴定作为司法活动往往行使最终决定权;

司法鉴定通常还作为法官认证的工具,实践中通常以司法鉴定结论作为裁判的依据。

【法律依据】《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》第十一条,司法鉴定所涉及的专业未纳入名册时,人民法院司法鉴定机构可以从社会相关专业中;

择优选定受委托单位或专业人员进行鉴定。如果被选定的单位或专业人员需要进入鉴定人名册的,仍应当呈报上一级人民法院司法鉴定机构批准。