工程质保金可以扣的方式是:

1、逐次扣留,即发包人在支付工程进度款时按比例逐次扣留;

2、一次性扣留,即发包人在工程竣工结算时一次性扣留质量保证金。

【法律依据】

《建设工程质量保证金管理暂行办法》第三条,发包人应当在招标文件中明确保证金预留、返还等内容,并与承包人在合同条款中对涉及保证金的下列事项进行约定:

(一)保证金预留、返还方式;

(二)保证金预留比例、期限;

(三)保证金是否计付利息,如计付利息,利息的计算方式;

(四)缺陷责任期的期限及计算方式;

(五)保证金预留、返还及工程维修质量、费用等争议的处理程序;

(六)缺陷责任期内出现缺陷的索赔方式;

(七)逾期返还保证金的违约金支付办法及违约责任。