截至2019年8月,南通市通州区下辖4个街道、12个镇:金沙街道、金新街道、兴东街道、先锋街道;张芝山镇、五接镇、川姜镇、石港镇、西亭镇、二甲镇、东社镇、十总镇、刘桥镇、平潮镇、兴仁镇、三余镇。具体介绍以下几个镇:

1、张芝山镇

张芝山镇位于江苏省南通市通州区最南部,濒江临海,南距长江不足十公里,西与国家十四个沿海开放城市之一的南通市相接壤,东与川港镇相邻,北与姜灶镇毗连,面积49.82平方千米,镇政府驻地张芝山镇兴北村。

2、五接镇

五接镇地处长江三角洲冲积平原,位于江苏省南通市通州区西部,长江东北岸,与张家港隔江相望,紧邻南通市区与南通港闸经济开发区毗邻,北郊与如皋接壤,西郊毗邻通如运河,总面积80.65平方千米。

3、石港镇

石港镇,是江苏省重点镇,隶属于江苏省南通市通州区,地处通州区北部,由原来的石港镇、石南乡、五窑乡合并而成。清末为石港市,引民国改石港镇,1958年更名红旗公社,1962年复镇。2000年,由原石港镇、石南乡、五窑乡合并而成。

4、西亭镇

西亭镇位于长江三角洲,江苏省南通市通州区的区域中心,是国家批准的沿海开放城市—南通的15个卫星镇之一。西亭镇总面积69.21平方千米,耕地5万亩。

5、三余镇

三余镇位于江苏省南通市通州湾江海联动示范区,长江入海口北岸,东临黄海,南依长江,与上海隔江相望,素有“粮棉故里,江海乐土”之称,是苏中、苏南名镇之一,属江苏省重点中心镇、通东重镇,革命老区。全境面积368.01平方千米。