在企业注销过程中，增值税抵扣税的处理主要存在以下问题：一是企业清算时存货和抵扣进项税的固定资产损失异常。第二，企业清算时仍有存货和固定资产抵扣进项税。

相关法规

《中华人民共和国增值税暂行条例》第十条 下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：（一）用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务；（四）国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。