1、协议转让市值股权持有人通过自己寻找需要进行股权投资的个人或机构,然后协商价格,签订转让合约或者网上软件交易。2、而做市交易是指证券公司和符合条件的非证券企业利用自己持有的股权和自带资金参与新三板股票交易,使得新三板股票交易更加活跃,为投资者进出场提供便利。3、新三板做市和协议本质区别在于前者参与者多了,交易更加自由,流通更加便利。后者局限性比较多,但一对一协议成交,对于股票价值更透彻的体现,不会产生前者那么多的泡沫和炒作。