员工擅自离岗的,用人单位应当首先发出书面通知,限制员工在规定期限内返回公司。其次,当员工擅自离岗达到辞退标准时,用人单位应当以书面形式向该员工送达辞职通知,通知其前来办理交接和离职手续。另外,如果该员工由于擅自离岗,给用人单位造成损失的,用人单位可以申请仲裁,向劳动者要求赔偿。

法律依据

《劳动合同法》第九十条:劳动部《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》第十八条规定,给用人单位造成损失的,应当承担赔偿责任。工资是用人单位依据劳动合同的规定,以各种形式支付给劳动者的工资报酬,按劳动部《工资支付暂行规定》第九条规定,用人单位应当按劳动者出勤结清工资。