根据我国相关法律规定,发生医疗事故时由哪个部门负责要依据实际情况来判定。一般是由医院机构直接负责的,包括:由于医院设备没有及时维修,或者是因为医务人员操作的失误,再或者是因为虽然医务人员没有出现重大失误,但是在救治过程中,没有尽到与当时的医疗水平相匹配的医治义务等情况造成的医疗事故。

法律依据

《侵权责任法》第五十四条规定,患者在诊疗活动中受到损害,医疗机构及其医务人员有过错的,由医疗机构承担赔偿责任。《侵权责任法》第五十七条规定,医务人员在诊疗活动中未尽到与当时的医疗水平相应的诊疗义务,造成患者损害的,医疗机构应当承担赔偿责任。