如果三年以上合同未能签订,申请离职补偿的方式是先协商。协商不成的,可以申请劳动仲裁;用人单位应当支付你未签订的劳动合同的工资、定金、经济补偿金和双倍工资;仲裁不成的,可以收集有关证据向法院提起诉讼。根据《劳动合同法》的规定,用人单位自用工之日起一个月以上未与劳动者订立书面劳动合同的,应当每月向劳动者支付两倍的工资。

法律依据

《中华人民共和国劳动合同法》第十条规定,建立劳动关系,应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系,未同时订立书面劳动合同的,应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。自劳动者上班之日起,与用人单位建立了事实劳动关系。只要劳动者在正常工作时间提供了劳动,用人单位就必须支付劳动报酬。第十九条:劳动合同期限三个月以上不满一年的,试用期不得超过一个月;劳动合同期限一年以上不满三年的,试用期不得超过二个月;三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同,试用期不得超过六个月。