股权转让协议无效的处理是:

1、股权已经转让的,要互相返还转让所得;

2、已经办理变更登记的,要申请撤销;

3、有过错的要按过错程度赔偿对方所受到的损失。

根据2021年实施的《民法典》第一百五十五条规定,无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。

第一百五十七条规定,民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后,行为人因该行为取得的财产,应当予以返还;不能返还或者没有必要返还的,应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失;各方都有过错的,应当各自承担相应的责任。法律另有规定的,依照其规定。

法律依据

《民法典》第一百五十五条

无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。

第一百五十七条

民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后,行为人因该行为取得的财产,应当予以返还;不能返还或者没有必要返还的,应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失;各方都有过错的,应当各自承担相应的责任。法律另有规定的,依照其规定。