有还款是否不算恶意透支，需要根据具体情况来判断。

1、根据相关的法律规定，持卡人以非法占有为目的，超过规定限额或者规定期限透支，经发卡银行两次有效催收后超过三个月仍不归还的，应当认定为刑法第一百九十六条规定的“恶意透支”。

对于是否以非法占有为目的，应当综合持卡人信用记录、还款能力和意愿、申领和透支信用卡的状况、透支资金的用途、透支后的表现、未按规定还款的原因等情节作出判断。不得单纯依据持卡人未按规定还款的事实认定非法占有目的。

2、恶意透支金额认定，数额在1万元以上不满10万元的，被认定为数额较大；数额在10万元以上不满100万元的，被认定为数额巨大；数额在100万元以上的，被认定为数额特别巨大。

法律依据

《最高人民法院、最高人民检察院关于办理妨害信用卡管理刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第六条

持卡人以非法占有为目的，超过规定限额或者规定期限透支，并且经发卡银行两次催收后超过３个月仍不归还的，应当认定为刑法第一百九十六条规定的“恶意透支”。

有以下情形之一的，应当认定为刑法第一百九十六条第二款规定的“以非法占有为目的”：

（一）明知没有还款能力而大量透支，无法归还的；

（二）肆意挥霍透支的资金，无法归还的；

（三）透支后逃匿、改变联系方式，逃避银行催收的；

（四）抽逃、转移资金，隐匿财产，逃避还款的；

（五）使用透支的资金进行违法犯罪活动的；

（六）其他非法占有资金，拒不归还的行为。

恶意透支，数额在１万元以上不满１０万元的，应当认定为刑法第一百九十六条规定的“数额较大”；数额在１０万元以上不满１００万元的，应当认定为刑法第一百九十六条规定的“数额巨大”；数额在１００万元以上的，应当认定为刑法第一百九十六条规定的“数额特别巨大”。