小产权房离婚协议有效。离婚协议书是双方对离婚形成一致的意思表示,其中对于财产分割的部分,只要不存在欺诈胁迫的情形也没有违反法律规定,那么就是有效的。但是需要在办理离婚登记之后才生效。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的,应当签订书面离婚协议,并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。