公安机关扣押车辆的处理方法如下:

1、如果作为作案用嫌疑车辆扣押,如果与案件无关,那么应当在3日之内返还;

2、如果属于作案工具等,车辆随案件走程序,最终由法院判决处理。

【法律依据】

《道路交通安全法》第七十二条,公安机关交通管理部门接到交通事故报警后,应当立即派交通警察赶赴现场,先组织抢救受伤人员,并采取措施,尽快恢复交通。

交通警察应当对交通事故现场进行勘验、检查,收集证据;因收集证据的需要,可以扣留事故车辆,但是应当妥善保管,以备核查。

对当事人的生理、精神状况等专业性较强的检验,公安机关交通管理部门应当委托专门机构进行鉴定。鉴定结论应当由鉴定人签名。