(1)两种保证的主体不同。支票保证的主体可以是支票上签名的人或其他第三人,但付款人不得为保证人;而支票付款保证的主体,只有支票上记载的付款人才能作为保证人。(2)两种保证的款式不同。首先支票保证分为正式保证和略式保证,前项保证以“与担保同”等字样,或其他同义之习惯用语表示之,并由票据保证人签名,后项保证仅须保证人签名即可。而支票付款保证,没有正式保证和略式保证之分,一律要求以记载于支票正面的“保付”或其他表示付款的文字表示,且记载应附日期和付款人的签名。其次,两种“保证的文句”记载要求不同,支票保证要求以“与担保同”字样或其他同义语表示;支票付款保证则要求以“保付”或其他表示付款的文句表示。第三,两种保证文句的记载处所不同,支票保证的文句可以在支票上记载,也可以在其粘单上记载。在支票上记载,既可以在支票正面记载,也可以在支票背面记载(一般来说,如为背书人保证,应记载于背面,如为出票人保证,应在支票正面记载);而支票付款保证的文句只能在支票正面记载。(3)两种保证的条件要求不同。支票保证可以以支票金额的全部进行保证,也可以支票金额的一部分进行保证,即保证可以附条件,可以是单纯保证,也可以是不单纯保证;而支票付款保证只能是单纯保证、完全保证,不得对支票金额的一部分进行保证,即付款人只能按支票文义保付,如果保证时对支票上所记载的事项予以变更,则该变更记载的保证视为无记载,即付款保证无效。(4)对两种保证人的支票追索权诉讼时效不同。就支票保证来说,持票人对保证人的追索权,自提示期间末日起经过6个月时,因时效而消灭;就支票付款保证来说,持票人对作出付款保证的付款人的支票请求权,自提示期间末日起经过一年时,因时效而消灭。