发包方与承包方结合具体工程，经协商一致，可对通用条款进行补充或修改，在专用条款内约定。合同履行中是否执行通用条款要根据专用条款的约定。如果专用条款没有对通用条款的某一条款作出修改，则执行通用条款，否则按修改后的专用条款执行。在工程招标中，通用条款是作为招标文件的一部分提供给投标人。无论是否执行通用条款，通用条款都应作为合同的一个组成部分予以保留，不应只把协议书和专用条款作为全部合同内容。
1、施工合同范本(GF-1999-0201)的名词定义指出：通用条款是根据法律、行政法规规定及建设工程施工的需要订立，通用于建设工程施工的条款;专用条款是发包人与承包人根据法律、行政法规规定，结合具体工程实际，经协商达成一致意见的条款，是对通用条款的具体化、补充或修改。
各类范本中的通用条款是根据《合同法》、《建筑法》等法律、行政法规制定的，同时，也考虑了建设工程施工中的惯例以及施工合同在签订、履行和管理中的通常做法，具有较强的普遍性和通用性，是通用于各类建设工程施工的基础性合同条款。建设工程虽然具有单件性，不同的工程在施工方案以及工期、价款等方面各不相同，但在工程施工中所依据的法律、行政法规是统一的，发包方与承包方的权利和义务是基本一致的，对于违约、索赔和争议的处理原则也是相同的。因此，可以把建设工程施工中这些共性的内容固定下来，形成合同的通用条款，实际工程可以直接原文不加修改的引用。这种做法的优点是直接使用普遍熟悉和流行的工程管理制度，提高效率，保证公平。
2、企业或建设项目的实际做法
一些长期有建设工程发包业务的单位(如房地产公司)或大型建设项目，需要签订较多工程或标段的合同，根据企业管理制度和整个建设项目管理的统一要求，制定统一的通用合同条款，然后针对不同标段合同的具体情况制定专用合同条款。
3、具体项目合同的可谈判性差别
有些工程不准备采用范本，特别拟定了富有特色的合同时，可以不区别通用与专用，只需要一份齐全完整的“合同条款”。但在特殊情况下，可将不可谈判的条款内容构成通用合同条款，对于可谈判的条款内容构成专用合同条款。