农村集体土地确权登记证的办理流程:1、当地开展了土地确权的工作;2、市人民政府向辖区内集体土地所有权的农民集体经济组织发布通告;3、提出申请及申报飞地;4、地籍调查和阶段权属审核;5、公示公告就登记发证。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第三百三十三条 土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。登记机构应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证等证书,并登记造册,确认土地承包经营权。第三百四十一条 流转期限为五年以上的土地经营权,自流转合同生效时设立。当事人可以向登记机构申请土地经营权登记;未经登记,不得对抗善意第三人。