笔迹鉴定与指纹鉴定，虽属同一证据类型，因二者所依据的判断标准，在客观性上存在差异，在司法实践中，指纹鉴定的证明力通常更高。指纹鉴定证据虽有证据之王之称，但在刑事诉讼中，对于具体的个案，各类证据都有其局限性，仍然需要结合案情，对全案的各类证据进行综合审查。
一、笔迹鉴定
1、笔迹鉴定是根据人的书写技能习惯特征、在书写的字迹与绘画中的反映，来鉴别书写人的专门技术。
2、笔迹鉴定是对同一性的认定鉴定，整个过程可以分为分别检验、比较检验、综合判断三个阶段，每个阶段都有相应但不同方法。但鉴定技术所依据的是鉴定人的实践总结，是一种经验判断，带有个人的主观性。
二、指纹鉴定
1、指纹鉴定，是利用人类指纹稳定性和独特性的生理特征而进行的认定。
2、指纹具有的不可替代性，指纹是手指皮肤上特有的花纹，由皮肤上的隆起线构成。这些隆起线的起点、终点、分叉、结合被称为细节特征点。隆起线的这种细节特征有无数种排列，因此，每个人的指纹甚至一个指纹的每条隆起线都是独特的。
三、指纹鉴定的科学性本身没有问题，但采集、判断的过程中，仍难免缺陷。
1、刑事案件：指纹鉴定的科学性不容置疑，但在刑事案件中，因条件所限，难以避免其缺陷，例如，在刑事案件中，有时采集者为了采集指纹，需要进行特殊的化学处理，或者使用了紫外线灯光照明。这种指纹往往是不清晰的；另一个原因是，宣布两个指纹相一致通常需要两者之前一定数量的相似点。就需要多少相似点而言，不同的司法机构确立了不同的标准，由于各种客观条件限制，司法实践中指纹鉴定同一性认定的结论是否达到百分之百的精确程度，有很大限制。
所以，仅凭指纹的同一性来确定犯罪嫌疑人，也有可能导致冤假错案发生的。
2、民事案件：指纹鉴定的客观条件几乎不受限制，其鉴定的证明力通常比笔迹鉴定的证明力更高，更令人信服。
四、在刑事诉讼中，对证据的审查，应当坚持充分性和排他性的原则。
1、所谓证据的充分性，是指对认定案件基本事实起着决定性影响的基本证据必须达到足够的数量。证据的充分性原则是对定案证据在数量方面的要求，它不仅强调在定案时不能仅凭孤证定案，而且还要求全案的基本事实都要有充分的证据来加以证实，而且这些证据之间能够互相印证，构成完整的证据体系。
2、所谓证明结论的排他性，是指由全案证据所推导出来的结论是惟一的结论，是一个排除了其他一切合理可能性的结论。如果定案的证据存在疑点，矛盾又得不到合理的排除，即有肯定有罪的证据，又有否定有罪的证据，综合全案证据不能得出惟一的结论，那么，只能以证据不足为由判决被告人无罪。
简而言之，指印鉴定证据作为证据之王，它无疑是据以定案的重要依据之一。但它不是万能的。如果对其过分迷信，对指印鉴定证据丝毫不加分析鉴别就无条件地加以采用，而忽视了刑事证据中关于证据充分性、结论排他性的要求，这不仅是危险的，而且也会给带来极大的危害，并最终酿成大错。