一、违法发放贷款罪实质性审查后发现确实违法怎么处罚?

违法发放贷款罪实质性审查后发现确实违法会判处违法放贷的主体承担一定年限的有期徒刑，刑法第186条第2款、第3款规定，银行或者其他金融机构的工作人员违反法律、行政法规规定，向关系人以外的其他人发放贷款，造成重大损失的，处5年以下有期徒刑或者拘役，并处1万元以上10万元以下罚金;造成特别重大损失的，处5年以上有期徒刑，并处2万元以上20万元以下罚金。单位犯本罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。

二、违法发放贷款罪司法解释

银行或者其他金融机构的工作人员违反法律、行政法规规定，向关系人以外的其他人发放贷款，涉嫌下列情形之一的，应予追诉：

1、个人违法发放贷款，造成直接经济损失数额在五十万元以上的;

2、单位违法发放贷款，造成直接经济损失数额在一百万元以上的。(“关于经济犯罪案件追诉标准的规定”第33、34条，最高人民检察院、公安部公发[2001]11号。)

关于违法向关系人发放贷款罪。银行或者其他金融机构工作人员违反法律、行政法规规定，向关系人发放信用贷款或者发放担保贷款的条件优于其他借款人同类贷款条件，造成10-30万元以上损失的，可以认定为“造成较大损失”;造成50-100万元以上损失的，可以认定为“造成重大损失”。

关于违法发放贷款罪。银行或者其他金融机构工作人员违反法律、行政法规规定，向关系人以外的其他人发放贷款，造成50-100万元以上损失的，可以认定为“造成重大损失”;造成300-500万元以上损失的，可以认定为“造成特别重大损失”。(“关于印发《全国法院审理金融犯罪案件工作座谈会纪要》的通知”第2条第4项，最高人民法院法[2001]8号。)

银行职员只有在审核确定贷款申请者已经满足了借贷的条件之后，才可以按照流程发放贷款，否则不管是出于什么理由，都不得借贷。若是再民事主体不满足借贷的条件之下，银行职员依旧发放了贷款，此时就有可能会被认定为是违法放贷罪。