合同有修改痕迹的,如果该修改内容,是经过双方当事人协商一致达成的,则该合同依然有效,属于对合同内容的变更情形。如果该修改内容,没有经过双方当事人协商同意,只是单方当事人私自修改的,则修改部分无效,视为合同没有发生变更。

根据2021年实施的《民法典》第五百四十三条

当事人协商一致,可以变更合同。

第五百四十四条

当事人对合同变更的内容约定不明确的,推定为未变更。

第一百四十六条

行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。

法律依据

《民法典》第一百四十六条

行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。

《民法典》第五百四十三条

当事人协商一致,可以变更合同。

《民法典》第五百四十四条

当事人对合同变更的内容约定不明确的,推定为未变更。