一、公诉案件法院退卷后应该怎么处理?

根据《刑事诉讼法》第198条规定和第200条的规定，在法庭审理过程中，检察人员发现提起公诉的案件需要补充侦查，并提出补充侦查建议的，人民法院可以延期审理，补充侦查应当在1个月以内完毕。《最高人民法院关于适用刑事诉讼法>的解释》第二百二十三条规定“审判期间，公诉人发现案件需要补充侦查，建议延期审理的，合议庭应当同意，但建议延期审理不得超过两次。

人民检察院将补充收集的证据移送人民法院的，人民法院应当通知辩护人、诉讼代理人查阅、摘抄、复制。

补充侦查期限届满后，经法庭通知，人民检察院未将案件移送人民法院，且未说明原因的，人民法院可以决定按人民检察院撤诉处理。

二、人民法院主动将案件退回检察院的情况

1、人民法院对于自诉案件、不属于本院管辖或被告人不在案的、撤诉后没有新证据、新事实又重新起诉的以及符合我国刑事诉讼法第十五条规定情形的，应当退回人民检察院。

《最高人民法院关于适用的解释》第一百八十一条规定“人民法院对提起公诉的案件审查后，应当按照下列情形分别处理：

(一)属于告诉才处理的案件，应当退回人民检察院，并告知被害人有权提起自诉;

(二)不属于本院管辖或者被告人不在案的，应当退回人民检察院;

(三)不符合前条第二项至第八项规定之一，需要补充材料的，应当通知人民检察院在三日内补送;

(四)依照刑事诉讼法第一百九十五条第三项规定宣告被告人无罪后，人民检察院根据新的事实、证据重新起诉的，应当依法受理;

(五)依照本解释第二百四十二条规定裁定准许撤诉的案件，没有新的事实、证据，重新起诉的，应当退回人民检察院;

(六)符合刑事诉讼法第十五条第二项至第六项规定情形的，应当裁定终止审理或者退回人民检察院;

(七)被告人真实身份不明，但符合刑事诉讼法第一百五十八条第二款规定的，应当依法受理。

对公诉案件是否受理，应当在七日内审查完毕。”

另，我国《刑事诉讼法》第十五条规定：“第十五条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：

(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;

(二)犯罪已过追诉时效期限的;

(三)经特赦令免除刑罚的;

(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;

(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;

(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。”

因此，人民法院对于自诉案件、不属于本院管辖或被告人不在案的、撤诉后没有新证据、新事实又重新起诉的以及符合我国刑事诉讼法第十五条规定情形的，应当退回人民检察院。

2、人民法院对于被告人提出新的立功线索可以建议人民检察院补充侦查。

《最高人民法院关于适用的解释》第二百二十六条规定“审判期间，合议庭发现被告人可能有自首、坦白、立功等法定量刑情节，而人民检察院移送的案卷中没有相关证据材料的，应当通知人民检察院移送。

审判期间，被告人提出新的立功线索的，人民法院可以建议人民检察院补充侦查。”

因此，人民法院对于被告人提出新的立功线索的可以建议人民检察院补充侦查，且没有时间限制。

公诉案件法院退卷，是比较严重的现象，可能是由于案件的审理不符合规定，或者是由于没有按照一定的流程审理案件等，此时，法院会退回案卷，重新审理，由于任何案件都需要在限定的期限之内审理结束，故而重新审理也是有次数限制的。