1、买卖农村违法建筑纠纷案的处理意见

由于出卖人对违法建筑物无法取得所有权，当事人转让违法建筑物的行为属于无权处分，故买卖协议无效。在买卖协议被确认无效后，应当双方返还财产，但买受人一方返还给对方的房屋，是恢复其对违法建筑物占有的事实状态。

2、拆除(或损毁)农村违法建筑纠纷案的处理意见

对违法建筑的认定和处理，是政府行政主管部门的法定职责。其他任何公民、法人都没有这种职责和权力，都不能以违法建筑不合法为由，故意实施毁损行为。这种违法行为的结果，给建造人的合法权益造成了实际损失，行为人应当承担相应的民事责任。考虑到建造人的擅自建房行为同样具有违法性，故对建造人“恢复原状”的诉讼请求一般不应予以支持，而是对行为人拆除(或损毁)违法建筑物造成建造人占有违法建筑物的实际经济损失予以评估后，判决由行为人予以赔偿。

3、侵占农村违法建筑纠纷案的处理意见

虽然建造人擅自建房的行为具有违法性，所建的住宅属违法建筑，但在政府行政主管部门认定并限期拆除之前，其对所建楼房的占有，作为一种事实状态，受法律保护，可以对所建楼房为占有、使用和收益，禁止他人侵犯对其所建住宅的占有及任意侵害，行为人因没有占有该违法建筑的根据，故应恢复建造人对违法建筑物占有的事实状态。