在不同的医疗纠纷中举证责任的分配是不同的，其一，在医疗侵权诉讼中，举证责任实行的是“举证责任倒置”，这是最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》的明确规定，是法定的举证责任倒置。其二，对于事实清楚较简易的其他医疗纠纷案件，原告选择违约之诉的，应适用无过错归责原则，参照《民事诉讼法》的规定，实行“谁主张，谁举证”，由主张违约方承担举证责任。鉴于医学科学的复杂性和患者个体的差异性，一般不能将治疗效果作为合同的标的。在目前我国民法体系中，医疗侵权诉讼中实行的是“举证责任倒置”，《若干规定》中，也将医疗侵权纠纷的归责原则界定为过错推定原则，上述立法本意，旨在平衡医患关系，保护患者合法权益，同时也防止片面加重医疗方的负担。对于绝大多数医疗纠纷案件，选择过错推定的侵权之诉明显有利于患方，但是，不可否认的是，某些医疗纠纷当患者选择违约之诉时，则适用无过错责任原则归责，这样更有利于受害方权益的保护。对于此类案件则可以参照《民事诉讼法》的规定，实行“谁主张，谁举证”。其三，有的医疗纠纷中存在这样的情况，因为患者掌握着重要的证据，如果发生争议，让医疗机构举证根本不可能，因为这些证据在患者出院之后往往已经带走，如果让医疗机构承担举证责任，患者拒不出示的话，医疗机构只能承担举证不能的后果，随之而来的也只能是医疗机构的败诉。一、不适用举证责任倒置的一些情况因医疗行为所引起的医疗纠纷适用举证责任倒置的规定，但因医疗行为以外的原因所引起的医疗机构与患者之间民事纠纷不适用举证责任倒置的规定。最高人民法院所颁布的关于民事诉讼证据若干规定的司法解释第四条第(八)项规定“因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任。”在此解释出台之后，很多法院在审判实践中均认为只要是患者到医院就医时与医疗机构所发生的纠纷，患者不需要承担任何证明责任，即所有的证明责任均由医疗机构承担。此种是理解是片面地、错误地。患者到医院去就医，除与医疗机构发生医疗服务合同法律关系外，还可能存在其他民事法律关系，例如：1、病人指责病历真伪的问题。2、病人在医院摔倒、财物被盗。3、病人指责医院未尽注意义务(护理不周、未给穿衣盖被、送饭、保管等)。4、侵犯名誉权、隐私权、处分权等等普通民事侵权的法律关系。上述医患之间发生的纠纷不是因医疗诊疗技术行为所引发，因此，不适用上述规定，仍应依照“谁主张、谁举证”的举证责任分配原则。所以，医患双方之间因医疗事故以外的原因所引发的非医疗行为所导致的其他民事法律关系的纠纷，不适用举证责任倒置。