施工单位中的甲方、乙方一般是按照签定的合同区分的,比如:施工单位和工程建设方(业主)之间,业主是施工合同的建设管理方为甲方,施工单位是合同的承包方为乙方;而施工单位与自己的施工分包商以及农民工的包工头之间,施工单位作为合同的总包为甲方,其他分包商和工程施工的包工头为乙方。甲乙双方确定主要看工程合同之间的承包关系。