农民工资的保证金的缴纳比例是根据工程价款来决定的:100万元以下的缴纳百分之五;100万到200万的缴纳百分之四;200万到500万的缴纳百分之三;500万以上的的缴纳百分之二;另外特殊的情况按特殊的缴纳。

法律依据

《农民工工资保证金管理暂行办法》第十条建筑施工单位按下列标准预存农民工工资保证金:(一)工程合同价款在100 (不含100万)万元以下的,按工程合同价款的5%预存;工程合同价款在100万以上至200万元的(含100万元),按工程合同价款的4%预存;工程合同价款在200万元至500 (含200万)万元的,按工程合同价款的3%预存;工程合同价款在500万元以上的(含500万),按工程合同价款的2%预存;(二)上年未完工的在建工程,建筑施工企业按剩余施施工量和相应比例补存工资保证金;(三)包工不包料的工程按工程合同价款的8%预存。