城镇职工医保、新型农村合作医疗两者共同构成我国基本医疗保障制度的一部分，还有一个是城镇居民医保，覆盖全体城乡居民。其主要区别是覆盖对象不同（也就是参保对象不同），筹资标准、经费来源、补偿标准也不同。城镇职工医保覆盖国家机关、企事业单位所有职工，经费来源主要由个人和单位缴纳；城镇居民医保覆盖城镇居民，经费来源由个人缴纳和财政补助；新型农村合作医疗覆盖农村居民，经费来源由个人缴纳和财政补助。按国家有关规定，应选择其中一种参加并享受相应的报销待遇。
职工医保和农村合作医疗相比，职工医保虽然缴费的钱多，但是将来享受的保障利益高。职工医保去掉门槛费可以大约报销80%，职工医保不限制医院，可以在本市任一医院就诊。上了医保后，如果是在职职工，到医院的门诊、急诊看病后，1800元以上的医疗费用才可以报销，报销的比例是50%。如果是70周岁以下的退休人员，1300元以上的费用可以报销，报销的比例是70%。如果是70周岁以上的退休人员，1300元以上的费用可以报销报销的比例是80%。
而无论哪一类人，门诊、急诊大额医疗费支付的费用的最高限额是2万元。举例来说，如果您是在职职工，在门诊看病的花费是2500元，那么500元的部分可以报销50%，就是250元。

新农合去掉门槛费用最高可以报销40%，必须是城市指定的农村合作医疗机构定点医院。
比例如下：
(1)村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
(2)镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
(3)二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
(4)三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。