两者的主要区别:1、预付账款是指企业按照购货合同的规定,预先以货币资金或货币等价物支付供应单位的款项。属于企业资产。2、应付账款是企业(金融)应支付但尚未支付的手续费和佣金。 是会计科目的一种,用以核算企业因购买材料、商品和接受劳务供应等经营活动应支付的款项。属于负债。3、在日常核算中,预付账款按实际付出的金额入账,如预付的材料、商品采购货款、必须预先发放的在以后收回的农副产品预购定金等。4、应付账款通常是指因购买材料、商品或接受劳务供应等而发生的债务,这是买卖双方在购销活动中由于取得物资与支付贷款在时间上不一致而产生的负债。