(一)招标代理机构的性质和地位被边缘化按《招标投标法》及相应法律、法规，招标代理机构是依法设立的从事招标代理业务并提供相关服务的社会中介组织，招标代理机构在其代理的范围内独力自主地开展工作。而目前的现状是，有些地方的监管部门指定招标代理机构，或者违背市场经济规律，采取抽签、摇号、低价竞争等方式确定招标代理机构，从制度设计上扼杀了优质招标代理机构的生存环境与发展基础，完全忽视了招标代理机构在市场经济中的独立主体地位以及以能力为主要因素选择招标代理机构的原则。另一方面，有些招标代理机构过于追求经济利益，忽视社会责任。(二)招标代理机构良莠不齐，行业无序竞争，优势招标代理机构的作用和效果得不到体现近年来招标代理机构迅猛发展，但发展极不平衡，综合实力较强的招标代理机构数量少，大部分的中小招标代理机构为降低成本，减少必要的人员、技术和投入，不能提供高效、专业、廉洁的服务，而是靠低价竞争、程序化招标等方式扰乱了招投标市场，而一些规模较大的综合性招标代理机构，由于各项设施投入大、专业人员配备齐全，能够提供优质高效的服务，相应的各项成本必然增加，例如，安徽省招标集团投资近亿元建设多功能的招投标综合服务大楼，各项设施齐全，各类注册类人员20多人，中高级技术职称人员达到70%以上，各职能部门配备齐全，设立了质量管理、审计监督、标书及合同评审等部门，保证了招标的质量和要求。但由于各方面对招标代理机构认知度不高，低价无序竞争，导致规模大、实力强的招标代理机构效益得不到提高，无法进一步聚集优秀人才，其优势作用得不到发挥和体现，对行业的整体和长远发展极为不利。(三)部分招标代理机构内部制度建设不完善，管理不规范大多数中小招标代理机构内部管理的规章制度不健全，尤其是业务管理、质量管理、档案管理、财务管理等制度不健全，管理混乱，只追求结果不注重对过程的管理;有的代理机构出借资格给个人或其他代理机构或滥设分支机构，收取管理费又不履行管理职责;有的招标代理机构没有培训制度，没有强化职业道德建设，从业人员的业务素质得不到提高，不具备高度责任意识、良好的职业操守、较高的法律政策水平。而制度化、规范化操作的招标代理机构甚少，如安徽省招标集团各项制度健全，内部管理流程规范，通过积累实践经验，形成了特定行业领域的骨干队伍，建立充分的信息支持手段和专家库资源体系，保持并发扬针对行业的服务特色优势，保持服务的高标准、高质量，形成市场竞争的特色品牌;各项培训制度完善，分支机构设置均以集团公司直接派出人员为主体，实行集团公司统一的管理制度和流程，绝不允许各种形式的挂靠现象。