(a)案件来源不同。公诉案件由国家公诉机关即人民检察院提起；自诉案件由被犯罪侵害的公民、个人或者其法定代理人、监护人、近亲属直接向人民法院提起。(二)犯罪性质和危害程度不同。一般来说，公诉案件中犯罪行为的性质比较严重，对社会的危害也比较大。案件一经起诉，人民法院必须依法审理。除公诉机关认为指控事实不清、证据不足外，不能对被告人定罪或者处以刑罚申请撤回起诉外，人民法院必须根据审理中发现的事实和证据，依法作出有罪或者无罪判决。但自诉案件中犯罪行为的性质大多不是很严重，对社会的危害相对较小。因此，自诉人可以在判决宣告前与被告人和解或撤回自诉，可以调解告知处理并有证据证明的轻微刑事案件。(3)不同的审查程序。适应庭审方式改革，现行刑事诉讼法弱化了公诉案件庭前审查的实体内容，基本实行程序性审查，即只要审查符合起诉书中有明确的指控犯罪事实，并附有证据目录、证人名单及主要证据复印件或照片的要求，人民法院就应当决定开庭审判，审查的主体是负责审理案件的审判组织成员；自诉案件应当经过二次审查，第一次是立案前的程序审查，审查是否符合立案标准。根据立案、审分立的原则，审查主体应为专门审查立案的人员。第二次审查是开庭前的实体审查。审查是否符合犯罪事实清楚，证据充足的必要条件。符合庭审条件的，应当转入庭审程序。不符合庭审条件的，应当说服自诉人撤回自诉或者裁定驳回起诉。审查的主体是负责审理此案的审判组织者。(四)当事人的诉讼权利不完全相同。1.自诉案件的被告人及其法定代理人有权在诉讼过程中提起反诉；公诉案件的被告人及其法定代理人虽然有权起诉司法人员侵犯其诉讼权利，但绝不能就案件事实本身向司法人员提起反诉；2.自诉案件的被害人作为自诉人，对地方各级人民法院的第一审判决或者裁决不服的，有权在法定上诉期间按照法定程序向上一级人民法院提起上诉，享有独立上诉权；但公诉案件的被害人没有独立上诉权，无权对地方各级人民法院的第一审判决或者裁定提起上诉，只能在收到判决后五日内请求人民检察院在法定期限内按照法定程序提起抗诉。(五)当事人的诉讼地位不同。在自诉案件中，被害人是自诉人，居原告地位，而在公诉案件中，公诉机关(人民检察院)居原告地位，被害人是证人地位。(六)当事人行使诉讼权利的时间不同。应该说，绝大多数公诉案件不能由受害者直接起诉，尤其是那些应该立案侦查但公安机关和人民检察院两个司法部门都不立案的情况。除非有证据证明公安机关和人民检察院的决定是错误的，否则可能不构成犯罪。