1、双方如果仅仅是同居关系,协议也仅仅是对于双方同居关系的规定,双方均没有配偶的同居关系并不是法律所调整和保护的关系,公证此类协议并没有相应的法律意义,并不属于公证的范围。2、如果是对于同居期间的财产进行分割签订的协议,属于共有财产的分割问题,是允许公证的。3、如果协议约定涉及到同居期间生育的子女的抚养问题,应当参照最高法关于离婚案件中子女抚养问题的相关规定,对于子女抚养问题作出妥善处理,是允许公证的。一般来说,解除双方的婚姻关系,一定会涉及到双方的财产问题,在同居期间,双方的财产并不能单纯地认定为婚姻中的财产,仍属于个人财产,所以应该在解除双方关系时协商一致,公证并不是必须的,需要看个人的选择,但是公证可以增强双方协议的法律效力。