传染病防治刑事犯罪与妨害传染病防治罪之间存在许多相同之处,如均以违反相关行政法规的规定为前提,都有导致传染病传播或有传播严重危险的后果,犯罪主体均为一般主体,主观方面均属过失,等等。其主要区别在于:(1)犯罪的直接对象不同。前一种情况侵犯的主要是国境卫生检疫管理体制,后一种是国家对传染病防治的管理体制。(2)违反的行政法规不同。前一种情况违反了国境卫生检疫法的有关规定,后一种情况违反了传染病防治条例。(3)损害后果不同。一种疾病是由鼠疫、霍乱、黄热病、艾滋病等疫病传播或有严重危害的疫病传播;后者是引起鼠疫、霍乱等甲类传染病传播或有严重危害的。传染性疾病预防和治疗失职罪两者有一些相似性,例如,两者都违反了国境卫生与检疫法的相关规定;都有可能导致检疫性传染病的蔓延;有危害公共安全的;其主要区别在于:(1)犯罪对象不同。前一种传染病的主要客体是国境卫生检疫管理体系,而国境卫生检疫管理体系侵害的主要客体是国家管制传染病的正常活动。(2)行为非法性不同。前一种情形的非法性在于违反了应受国境卫生检疫义务;后者的非法性在于行为人违反了对传染病防治进行监督和管理的职责,既有可能属于国家卫生检疫的职责,又有可能承担其他传染病防治监管责任。(3)犯罪造成不同后果。在危害结果形式上,前一种是既包括实际后果(引起检疫传染病传播),也包括危险后果(使检疫传染病蔓延的严重危险);而后者仅包括实际后果之一,即必须发生导致传染病扩散或流行,而且情节严重的实际情况。从引起传播的传染病类型来看,前者仅包括鼠疫、霍乱、艾滋病等检疫性传染病,范围较窄;后者包括了一切法定规定的3类35种传染病。(4)犯罪主体不同。前一种行为是一般主体,自然人和单位都可以成为其主体;后一种是特殊主体,仅限于从事传染病防治的政府卫生行政部门工作人员,其他自然人或单位不得成为犯罪主体。现实生活中,也许很多人对卫生防疫了解不多,其实我国法律中明确规定,有些传染病必须要经过检疫,如果有人对此加以阻挠,就会构成妨碍国境卫生检疫罪。